STTII Ambon merupakan lembaga pendidikan tinggi teologi yang berdiri di Provinsi Maluku atas inisiasi putera daerah yaitu, Pdt. Dr. Chris Marantika, Th.D tahun 1990. Setelah mencapai keberhasilan dan berkontribusi pada kebutuhan gereja melalui Seminary Teologi Injili Indonesia Yogyakarta, beliau berinisitif menjangkau pelayanan kepada umat Kristen di Provinsi Maluku. Keinginannya yang begitu kuat dalam memberikan kontribusi bagi kekristenan di tanah Maluku, medorongnya mendirikan Akademi Teologi Injili Indonesia Ambon. Sekolah tersebut dirancang untuk menjadi kepanjangan tangan visi 1:1:1 yang telah dicetuskan. Seiring dengan perkembangan pengelolaan pendidikan, akademi teologi yang telah dirancang berubah bentuk menjadi sekolah tinggi teologi yang seperti induknya di Yogyakarta. Dengan demikan berdirilah Sekolah Tinggi Teologi Injili Indonesia Ambon yang secara independen mengelola pendidikan tinggi. Yayasan Iman Indonesia sebagai penaung dari STTII Ambon memberikan dukungan terus menerus hingga lembaga ini memberkati gereja-gereja di sekitar Provinsi Maluku dan sekitarnya.